卓越工程师学院于2024年成立，作为学校单列设置的二级实体机构，依托先研院实体化建设卓越工程师学院，联合校内相关培养单位（学院、研究院、重点实验室等）和联合培养单位（国家实验室以及科技领军企业等），依靠国家级大装置、大平台、大企业、大项目创新驱动力量，利用“科研融合+产教融合”双引擎驱动，锚定稀土科技、核科技、量子科技、人工智能与集成电路等四个领域，承担国家急需专项（中组部、教育部等）、企业联合专项（先研院、苏高院等）、科教融合专项（国家实验室、科教融合学院等）、国际合作专项四大专项专业学位研究生的培养工作，培养一大批具有解决复杂系统工程问题能力的卓越工程师。